Van Kooyk ontrafelde de manier waarop het immuunsysteem ontregeld raakt bij het ontstaan van kanker, auto-immuunziekten en infectieziekten zoals hiv/aids. Zij ontdekte dat bepaalde suikermoleculen, de zogenoemde glycanen, de communicatie tussen cellen van het immuunsysteem kunnen stimuleren of juist remmen. De nano-medicijnen die ze ontwikkelt, moeten het immuunsysteem ondersteunen bij de strijd tegen kanker en andere ziekten. Van Kooyk geldt als wereldwijd expert op dit terrein.

De NWO-Spinozapremie is de hoogste onderscheiding in de Nederland voor voortreffelijk en baanbrekend onderzoek dat een grote uitstraling heeft. De premie van 2,5 miljoen euro wil Yvette van Kooyk besteden aan onderzoek én aan educatieve kunst.